Sigade seedetrakti infektsioonide uuringud
Haiguste tutvustused:
ANALÜÜSIMEETODID
(lisaks võib kõhulahtisus esineda ka üldinfektsioonide ja mittenakkavate haiguste korral (nt. mürgistused)). Parasitooside uuringud on eraldi proovivõtujuhendis.
|
Analüüs |
Uurimismaterjal |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Aeroobne külv* |
organid, sooled, soolelümfisõlmed |
BAKT |
5DB-TJ-34** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Anaeroobne külv |
5DB-TJ-36** |
|||
|
Brachyspira hyodysenteriae ja B. pilosicoli |
tampooniproov |
5DB-TJ-48** |
||
|
Campylobacter jejuni/ C. coli |
5DB-TJ-9 |
|||
|
Clostridium spp |
organid, sooled, soolelümfisõlmed |
5DB-TJ-2 |
||
|
Lawsonia intracellularis |
proov soolest*** |
HIST**** |
5DH-TJ-21** |
|
|
Salmonella spp. |
roojaproov |
BAKT |
5DB-TJ-20 (EVS-EN ISO 6579-1:2017) |
|
|
Salmonella spp. |
Real-time PCR |
5MA-TJ-15 |
Molekulaaranalüüs |
|
|
Yersinia enterocolitica |
roojaproov, sooled |
BAKT |
5DB-TJ-46 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Rotaviirus, E. coli F4 (K88) ja F5 (K99) ja Cryptosporidium spp. |
roojaproov |
agELISA |
5DV-TJ-61** |
Viroloogia-seroloogia |
|
Sigade tsirkoviirus 2 |
*** |
Real-time PCR |
5MA-TJ-4** |
Molekulaaranalüüs |
|
Sigade tsirkoviirus 2 |
*** |
IHC**** |
5DH-TJ-21** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Sigade tsirkoviirus 2 |
vereseerum plasma |
ELISA |
5DV-TJ-58** |
Viroloogia-seroloogia |
|
Transmissiivne gastroenteriit (TGE) või sigade epideemiline diarröa (PED) |
roojaproov |
ag kiirtest |
5DV-TJ-93** |
|
|
Transmissiivne gastroenteriit (TGE) |
vereseerum plasma |
ELISA |
5DV-TJ-3 |
|
|
Sigade epideemiline diarröa (PED) |
5DV-TJ-84** |
* virulentsus ja/või toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt vastavalt tekitajale aeroobne või anaeroobne külv, ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod
*** vt. detailid osas „Proovide võtmine, säilitamine ja saatmine“
**** uuringule eelneb nn. tavahistoloogia (hematoksüliin-eosiin värving)
Täiendavad uuringud
|
Analüüs |
Uurimismaterjal |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
E. coli virulentsusfaktorid F4 (K88), F5 (K99), F18, 987P, F41, STb, STaP, LTB, Stx2e |
Isoleeritud kultuur |
Konv. PCR |
5MA-TJ-75* |
Molekulaaranalüüs |
|
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb ja cpb2 |
Real-time PCR |
|
||
|
Monofaasiline Salmonella Typhimurium ja S. Typhimurium |
5MA-TJ-70 |
|||
|
S. Enteritidis |
5MA-TJ-70 |
|||
|
Salmonella serotüpeerimine |
Serotüpeerimine |
5DB-TJ-64 |
Bakterioloogia-patoloogia |
* akrediteerimata meetod
- Lisaks on bakteriaalse haigustekitaja esinemisel soovitav ravi planeerimiseks juurde tellida antimikroobsete ainete vastase tundlikkuse määramine.
- E. coli virulentsusmarkerite uuringut, Salmonella serotüpeerimist ning baktertekitajate antibiootikumitundlikkuse määramist on võimalik ka tellida varem isoleeritud ja tüvepangas säilitatud tüvedele.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Hulgihaigestumise korral võtta eraldi proovid 3-5 loomalt.
Korjuse ja organproovide võtmine ning patoloogilis- anatoomilised uuringud on eraldi juhendis.
Bakterioloogiliseks uurimiseks peab võtma proovid võtma enne antibakteriaalse ravi alustamist.
Viroloogiliseks uuringuks võetakse proov haiguse algstaadiumis.
Proov bakterioloogiliseks uuringuks ja molekulaaranalüüsiks:
- Roojaproov steriilses konteineris min 30 g.
Proov Campylobacter spp., Clostridium spp ning Brachyspira spp. uuringuks:
- Tampooniproov roojast Amies transportsöötmes.
Proov viroloogiliseks uuringuks (agELISA):
- Roojaproov steriilses konteineris min 30 g. Ainult individuaalproovid.
Proov Lawsonia intracellularis uuringuks
- Niudesoole distaalne osa ileotsekaalklapi piirkonnast ning käär- ja umbsoole proksimaalsest osast (Lawsonia intracellulare).
Proov sigade tsirkoviirus 2 tekitaja määramiseks
- Proovid ingvinaalsetest ja mesenteriaalsetest lümfisõlmedest ning põrnast, kopsust, maksast, lisaks kurgumandlitest, niudesoolest (Peyeri naastud), tüümusest, vereseerum.
Proov seroloogiliseks uuringuks (ELISA)
- Vereproov 3-5 ml.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt tellimuste vormid alt. Looma täpne vanus on väga oluline.
Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti jahutuselementidega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.
ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Meetod |
Kirjeldus |
Analüüsimise aeg (tööpäevi) |
|
BAKT |
bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine) |
3-7 tööpäeva |
|
HIST |
histoloogiline uuring |
Kuni 10 tööpäeva |
|
IHC |
immunohistokeemiline uuring |
|
|
Real-time PCR |
reaalaja polümeraas-ahereaktsioon |
Kuni 5 tööpäeva |
|
ag kiirtest |
immunokromatograafiline kiirtest (antigeeni määramine) |
|
|
ELISA |
kaudne immunoensüümmeetod (antikehade määramine) |
|
|
Konv. PCR |
konventsionaalne multipleks polümeraas-ahereaktsioon |
|
|
Serotüpeerimine |
Salmonella serotüpeerimine Kauffmann-White Le Minor skeemi järgi |
1-3 tööpäeva |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor) ja 7386 123 (patoloogia labor- patoloogilised ja histoloogilised uuringud)
Viroloogia-seroloogia osakond, kontakt tel. 7386 111
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Lisainfo:
Sigade haiguste puhul enamesinevad E. coli virulentsusgeenid
|
E. coli virulentsusfaktor |
Määratav geen |
Võib esineda |
||
|
Neonataalne diarröa |
Võõrutus-järgne diarröa |
Tursetõbi |
||
|
F4=K88 piilid |
faeG |
+ |
+ |
|
|
F5=K99 piilid |
fanA |
+ |
|
|
|
F6=987P piilid |
fasA |
+ |
|
|
|
F41 piilid |
fedA alaühik |
+ |
|
|
|
F18 (F18ab jaF18ac) piilid |
fedA |
- |
+ (F18ac) |
+ (F18ab) |
|
LTb (LTII) termolabiilne enterotoksiin, alaühik B |
eltB |
+ |
|
|
|
STaP (STI) termostabiilne enterotoksiin |
estA |
+ |
|
|
|
STb (STII) termostabiilne enterotoksiin |
estB |
+ |
|
|
|
Stx2e shigatoksiin (verotoksiin) |
stx2e alaühik A |
|
|
+ |
Clostridium perfingens toksiinigeenide leiu tõlgendamine
|
Clostridium perfringens toksiin |
Määratav geen |
Võib esineda |
Seostuv haigus |
|
Alfa-toksiin |
cpa |
Kõigil soojavereliste C. perfringens isolaatidel |
|
|
Beeta-toksiin |
cpb |
C. perfringens tüüp C |
Neonataalne hemorraagiline ja nekrootiline enteriit |
|
Beeta-2 toksiin |
cpb2 |
C. perfringens tüüp A |
Põrsaste neonataalne enteriit (nekrotiseeriv enteriit) |
Koostatud: 02.01.2020
Koostanud: Age Kärssin
